صدر الجزء الثاني من المنهج في فهم الإسلام بعنوان نُظم التراث، وذلك عن مؤسسة العارف للطباعة في بيروت
وجاء في كلمته الخلفية ما يلي:
هذا هو المجلد الثالث من مشروع (المنهج في فهم الإسلام)، ويُعنى بالكشف عن طبيعة نمط التفكير الدائر في أروقة النظام الوجودي بكلا شقيه الفلسفي والعرفاني وما يترتب على ذلك من فهم للقضايا الدينية. وهو مكمّل لما جاء من مداخل تتعلق بهذا النظام لدى المجلد الثاني من المشروع. ويشتمل على إبراز ثلاث علاقات أساسية للنظام المذكور، هي علاقة الوجود والإدراك والتنزيل.. فمن خلالها يمكن تحديد معالم رؤية النظام التفصيلية، ابتداءاً من مبدأ الوجود الأول وحتى آخر مرتبة وجودية، كما يتشكل عليها تحديد معالم الفهم الديني، وعلى رأس ذلك الفهم الخاص بأُصول الدين. فالعلاقة الأولى تعمل على بلورة فهم معالم التوحيد، وان العلاقتين الثانية والثالثة يضفيان أبعاداً معرفية على كيفية فهم طبيعة كلا الأصلين الدينيين: النبوة - ونظيرتها الولاية - والمعاد. هذا بالإضافة إلى أن لهذه العلاقات دوراً في تحديد فهم النص طبقاً لما تستند إليه من الأصل المولد الذي يحكمها.
ويتضمن هذا النظام مسلكين مختلفين لفهم النص، أحدهما لا يولي للنص مرجعية معرفية مستقلة، فهو يتبع ما عليه البرهان الفلسفي. أما الثاني فيعترف بهذه المرجعية المستقلة واليقينة، وقد حاول ان يوفق بينها وبين منظومته الوجودية؛ فكانت النتيجة لا تخلو من التلفيق والتأويل والإستبطان الرمزي.
ووفق هذا النظام يمثل النص الديني مرآة لإظهار الوجود وحتميته. وتتخذ نظرية التكليف وفق هذه الرؤية طابعاً مجازياً خاضعاً لاعتبارات الوجود الحتمي.